قسم مركزي مهم جدا للمستشفى حيث يقوم بخدمة المستشفى بكافة أقسامه فيقع على عاتقه المحافظة على المستشفى خالي من الأوبئة والأمراض
استقبال وفرز وتعقيم كافة أدوات المستشفى سواء من قسم العمليات، الأقسام الجراحية، العيادات التخصصيه، كما يقوم بتوزيعها على كافة الأقسام.
المحافظة على كافة الأدوات من حيث آلية تنظيفها وتعقيمها والمحافظة على جودتها باستعمال المواد المختلفة.
يوجد في قسم التعقيم ثلاثة أجهزة، جهازين تعقيم بالبخار وجهاز تعقيم بالغاز
يعمل في القسم عدد جيد من التمريض من أجل مراعاة الزيادة المضطردة في عمل المستشفى
