استقبل المستشفى مئات الشهداء خلال انتفاضة الأقصى وما تلاها من الاحداث حيث تعرض المستشفى للعديد من الاعتداءات التي كان اخرها اقتحام المستشفى من قبل قوه كبيره من المستعربين تمخض عنها اختطاف احد المصابين واستشهاد مرافقه في عمليه استهجنت من قبل العالم اجمع
عالج المستشفى آلاف الجرحى في انتفاضة الأقصى
ما زال الاحتلال الإسرائيلي جاثماً على الأرض الفلسطينية، ويتحكم في حياة الفلسطينيين، ويسيطـر علــى المعابـر ومصـــادر المياه والاقتصاد، الأمر الذي انعكس بشكل مباشر على الخدمات التي يقدمها المستشفى للمواطنين الصامدين على أرض فلسطين، وبالرغم من ذلك لا زال المستشفى الأهلي يقوم بواجبه خير قيام تجاه الجرحى وأسر المعتقلين والشهداء والفئات الضعيفة في المجتمع الفلسطيني، فسياسة المستشفى تتمثل في علاج جميع ضحايا الاحتلال دون مقابل، وهذا أقل ما نقدمه تجاه من يبذل الغالي والنفيس في سبيل قضيتنا العادلة.
